به گزارش وسائل، مکتب سامراء دراصطلاح عالمان به شیوه آموزشى و تعلیماتى میرزاى شیرزاى اطلاق مى شود. در واقع سیره قیادت و رهبرى حجت الاسلام مجدد در دوران مرجعیت و زعامتش را در برمى گیرد. از آن جا که ثقل حرکتهاى فرهنگى و سیاسى میرزا در سامرا انجام یافته است به مکتب سامراء شهرت یافته است. این مکتب على رغم عمر کوتاه خود نقطه عطفى در تاریخ حوزه ها و جهان تشیع به شمار رفته و تحولات بسیارى را در بستر پیدایش و روزگاران بعد به وجود آورد به گونه اى که شعاع تابناک آن در اقصى نقاط جهان اسلام پرتو افکنده است. علم و تقوى کیاست و نوآورى ابتکار و جامع نگرى به ابعاد مختلف شریعت از میرزا شخصیتى ممتاز و ذوابعاد به وجود آورد که نظیر آن در فقهاى دیگر به ندرت یافت مى شود. تا آن حد که شخصیت اساتید بزرگوارش را تحت الشعاع قرار داده بود.
مکتب سامراء منحصر در شیوه آموزش و تدریس نبوده بلکه یک جهان بینى و نگرشى است فقیهانه به اسلام به عنوان مکتبى ناظر به دنیا و آخرت و به عنوان شیوه اى براى زندگى واداره جامعه. در این دیدگاه اسلام در کلیت آن از اصول و شاخه ها مورد توجه قرار مى گیرد و فروع دین در رابطه با اصول شریعت تفسیر مى گردد چرا که اسلام با مثابه درختى است که فروع و ابعاد گوناگون آن از ریشه اى واحد سیراب شده و بدون ارتباط ریشه و شاخه ها شناخت آن ممکن نیست. جهاد و سیاست همان جایگاهى را دارند که نماز و روزه و اعتکاف داراست و حج و نماز بدون توحید و ولایت چرخشى است بر سنگها و ورزشى است بى معنى.
عقل و درایت در مکتب سامراء از جایگاه مهمى برخوردار است. مفتى در این دیدگاه فقیهى است عاقل و اندیشه ور و جامع نگر و زمان شناس.از عقل اگر سخن مى گوییم منظور عقلى نیست که در زوایاى تفکرات فلسفى فرور رود و با تارهایى که ازاصطلاحات مبهم بر خود مى تند خود را از فقه و عرف و جامعه دور سازد بلکه عقلى است که در صدور و فتوا همه زوایاى اعتقادى و شرائط اجتماعى واستعداد انسانها را در نظر گیرد و با توجه به همه شرائط به دستور و فتوا نشیند.
مکتب سامراء مکتبى است واقع گرا و آگاه به واقعیتهاى اجتماعى و سیاسى. حوادث واقعه در استنباط چیزى جز واقعیتهاى خارجى نیست. آن که با دنیاى خارج و ماجراهاى گوناگون آشنایى ندارد نمى توانند مرجع امور باشد و در موضوعاتى که با آن بیگانه است حکم صادر کند.
شناخت موضوعات واقع نگرى مردم شناسى و اطلاع از احوالات مردم از خصوصیات اساسى این مکتب است. میرزا نه تنها مدرس احکام فردى و فروعات نظرى اسلام که مفسراحکامى است که در صحنه عمل و زندگى راه پیدا مى کند. اسلامى که میرزا عرضه مى کند نه فقط در کنج مدرسه و مساجد که پا به اجتماع مى نهند و همراه با جریان زندگى حرکت مى کند و خود پیشاپیش به عنوان پرچمدار در حرکت است.
مدرسه میرزا حوزه تعهد و مسؤولیت است. فقیه دراین حوزه دیدبانى است بیدار که بر برج دیدبانى مى نشیند و دوردستها را در نظر دارد کوچکترین حرکات دشمن را شناسایى کرده و به موقع اعلام خطر مى کند. مانع از نفوذ شیاطین و عفریتیان به داخل مرزهاى اسلام مى شود. او درد دین دارد و مداوم دراندیشه است که در دوران زعامتش از فرامین شریعت عدول نگردد و از رواج احکام و نوامیس الهى کاسته نشود و با هوشیارى کامل کشتى امت را از میان امواج و طوفانهاى سهمگین رهایى بخشد. از این روى در هنگام هجوم، مکتب سامراء جلودار جهاد و مبارزه علیه مهاجمانند.
آنان از فقهایى نبودند که بر فقه بریده او مردم تکیه کنند نه مسئولیتى بشناسد نه در برابر حوادث تعهدى احساس کنند و نه حضور دشمن را در خانه و کاشانه خود و مردم درک کنند. این گونه عالمان نه تقواى الهى دارند و نه عدالت سیاسى چرا که در برابر گناهان
کبیره اجتماعى کتمان و سکوت را پیشه کرده اند و در نهایت عامل تضعیف اسلام هستند. این طرز تفکر در برابر موجهاى فرهنگى و شبهات دینى به جاى چاره جویى حربه تکفیر را به دست گرفته و به جاى ره گشایى بر دامنه مشکلات مى افزایند. در مکتب سامراء فقهاء پرچمداران هدایت هستند که به تحلیل رویداها پرداخته و از قله رفیع فقاهت به استقبال حوادث مى شتابند.
در مکتب سامراء توده مردم نه عوام کالانعام که بندگانى با کرامت و بزرگوار هستند. دراین مکتب بدون حضور مردم قدرت و حکومت میسور نیست. احقاق حقوق عامه مردم و حل مسائل اجتماعى از اولویتهاى زعامت و امامت به شمار مى آید. مستضعفان و محرومان از جایگاه ویژه اى برخوردارند. سهم مهمى از بیت المال به آنان اختصاص دارد. زنان نه خاک بى مقدار و مستور و محروم از همه مزایاى اجتماعى که مربى جامعه و مادر مومنان هستند و در هنگامه خطر فاطمه گونه به میدان مى آیند و پیش تر از مردان بر دشمن راه مى گیرند.
دانشگاه میرزا آموزشگاه عزت و وحدت مسلمانان و مکتب شعور و شعائراست. دراین مدرسه حاکمیت با اسلامى است که باید جامعه را اداره کند و نسبت به احتیاجات دنیوى و اخروى مردم بى تفاوت نباشد. همه این برکات از جهان بینى مؤسس این مکتب سرچشمه مى گیرد. از او که عقاید دینى روایات و خطبه هاى نهج البلاغه با روانش درهم آمیخته بود و قرآن و دعا ورد همیشگى اش بود و بدون آن سخن از فقه به میان نمى آمد.
این مکتب توسط صاحب جواهر پى ریزى شده ولى وى فرصت عمل نیافته بود. میرزا مى بایست آن را دنبال کند از این روى به دنبال محیطى بود که بتواند به اندیشه هایش جامه عمل پوشد و سنگهاى زیرین آن را به دوراز غوغا و هیاهوى اجتماعى آماده سازد. نجف آن روز با همه عظمت و وجود میراثهاى کهن شیعه و عالمان بسیار نمى توانست محیطى مناسب باشد؛ زیرا حوزه نجف هنوز آمادگى طرح افکار و نظریات میزرا نداشت. نجف محیط بسته اى بود که در آن تدریس و تدرس دراصول و برخى ازابواب فقه ارزش اصلى بود. با تحولات مختلف جهان نامانوس بود و به هر تازه اى به دشمن بدعت مى نگریست و از آن وحشت داشت. اصولا اطلاع از جریانات سیاسى و دخالت در امور اجتماعى و جهان شناسى در میان طالبان علم بسیار اندک و عبث تلقى مى شد.
میرزا به دنبال محیطى بود تا به دور از هیاهوى مذهبى که ممکن بود به لوث شدن اندیشه اش بینجامد به افکارش سازمان دهد و دستیارانى آگاه و آشناى به دین و جامعه تربیت کند و از آن جا نجف اصلى ترین پایگاه شیعه را بیدار کند و روحى تازه در کالبد آن بدمد. با این فکر میرزا هجرت خود را به خارج از نجف آغاز کرد آرام و بى سروصدا. نزدیکرتین یاران خود را نیز بى خبر گذاشت تا مبادا مردم حساس بشوند و مانع از حرکت وى گردند. سر درونى را در دل همى نگاه داشت و همین خموشى از راز نهفته پرده برمى داشت. زیارت خراسان بهانه بود و موانعى که براى هجرتش برشمرده اند همچون : توقع ناباب بزرگان ایثار احیاء حوزه سامراء و.....از مقومات حرکتش بشمار مى رفت.
مرحوم سید محسن امین (ره ) پس از برشمردن علل متعددى که براى هجرت میرزا گفته اند مى نویسد: آنچه بیشتر گمان مى رود این که سبب هجرت میرزا مطلبى است بالاتر از اینها. او دقیق ترین چیزى است که به ذهن مى آید و آن قصد دورى گزیدن از دیگران بود.
زیرا سامراء از مراکز علم و مدعیان دانش به دور بود و میرزا مى توانست در آن جا به خواسته هایش جامه عمل بپوشد. و مصاحبت با خواص درد و رنج آفرین است و دورى ازآنان سبب راحتى و تشکل است. امیرمومنان در نامه اش به مالک اشتر فرموده است : بالاترین زحمت براى حاکم از جانب خواص پیش مى آید. و حوادث نجف واختلاف دو گروهه و یامزاحمت بزرگان از مقومات هجرت میرزا بود نه علت اصلى. و چه بسا از مقومات هجرت آباد کردن سامرا و گشایش امور زوار و برطرف کردن مشکلات آنان باشد./102/ف